Налази се у близини ушћа реке Косанице у Топлицу, недалеко од остатака старе византијске базилике. Подигнута је на темељима рановизантијског храма, датираног имеђу V и VI века. Сама грађевина је једнобродна са основом триконхоса (одлика цркава у Цариграду и Светој гори) и каменим иконостасом.
Сматра се за најстарију задужбину Стефана Немање коју је, заједно са оближњим манастиром посвећеном светом Николи, подигао између 1159. и 1166. године. На овом месту налазило се прво владарско седиште будућег српског Великог жупана Стефана Немање (1166-1196), оснивача светородне династије Немањића.
Историја манастира Петковача
Немања, који је владао Топлицом као удеони кнез, подигао је, прво манастир посвећен Богородици. Одмах затим и манастир посвећен светом Николи, што је према његовим житијима, довело до његовог сукоба са старијом браћом, из кога ће изаћи као апсолутни победник. Сматра се да је манастир подигао за своју супругу Ану, која се касније замонашила и била настојница манастира као монахиња Анастасија.
Средином XV века, између 1451. и 1457. године, манастирски комплекс се налазио под заштитом султаније Маре Бранковић, супруге султана Мурата II (1421—1451). Она је у близини манастира имала један од својих дворова. Манастирска црква је била покривена оловом, као и црква оближњег манастира светог Николе, због чега је Куршумлија у средњем веку била позната и као Беле Цркве, због белог одсјаја Сунца на оловним крововима.
Манастир је запуштен после Велике сеобе Срба 1690. године, након чега су му Османлије скинуле оловни кров, чиме је отпочело његово зарушавање. Временом су остале манастирске грађевине порушене, као и сама црква од које су опстали само делови, који су истражени 1921. године.
Легенде и приче о манастиру Петковача:
У 18. веку, према легенди, неки Турчин је порушио цркву и од тог материјала саградио око 20м ниже тзв. Исакову воденицу, коју је касније однела Топлица. Век касније, после ослобођења, аустријски сликар и путописац Феликс Каниц пише да је од грађевине остало мало.
